Cette deuxième saison composée de 12 épisodes ne suit pas les évènements du livre de Jeff Lindsay, Le Passager noir, qui est la suite du premier livre Ce cher Dexter.
Dexter a tué Brian Moser, qui était en réalité son frère. De son côté, Doakes le soupçonne de plus de plus d'accomplir des meurtres. Tandis que Rita s'interroge sur Dexter quant à de potentiels problèmes de dépendance à l'alcool ou de drogue.