Cette troisième saison a été annoncée lors d'une soirée organisée par Showtime sur le thème de la série début novembre 2007 par le président de la chaîne, Robert Greenblatt, lorsque des journalistes lui ont demandé si une troisième saison était prévue.
Composée de 12 épisodes, elle a été diffusée à partir du 28 septembre 2008 sur Showtime aux États-Unis, et a été diffusée en France à la suite de la deuxième saison dès le 19 février 2009, soit deux mois après la fin de la diffusion originale.
Dexter et Rita avancent dans leur relation, ils découvrent que cette dernière est enceinte de lui. Batista est promu sergent au poste laissé vacant par Doakes. Un assistant procureur fait la connaissance de Dexter et va apprendre beaucoup de lui. Une collègue de Dexter gravement malade lui demande un énorme service.